Das Jugendhilfezentrum Raphaelshaus betreut bereits seit dem Jahr 1902 Kinder und Jugendliche in Dormagen. Franziskanerbrüder bauten das große neugotische Gebäude an der heutigen Bundesstraße 9 zwischen Köln und Neuss für die „schwere Erziehungsarbeit an der gefährdeten und verwahrlosten Jugend“ (alte Satzung). 1927 wechselte das St. Raphaelshaus (ehemaliger Name) in den Besitz des Katholischen Erziehungsvereins für die Rheinprovinz e. V. (KEV) über.
Die Kriegsfolgen sowohl des Ersten als auch des Zweiten Weltkrieges forderten die im Raphaelshaus arbeitenden Menschen mit der Unterbringung und Betreuung von zeitweise über 500 Kindern und Jugendlichen. Die Hiltruper Missionsschwestern halfen dem Erziehungsverein mit ihrem sozialen und christlichen Engagement.
Seit 1995 gehört das Raphaelshaus zusammen mit drei weiteren Einrichtungen zur gemeinnützigen Betriebsführungsgesellschaft mbH. Das alte Erziehungsheim hat sich zu einem modernen Jugendhilfezentrum entwickelt, in dem Kinder und Jugendliche in verschiedensten Formen der stationären, teilstationären und ambulanten Jugendhilfe betreut werden. Die Mitarbeiter*innen engagieren sich auf allen Ebenen der Verantwortung, um pädagogische Antworten auf die Probleme junger Menschen zu finden. Bei all ihrem menschlichen und fachlichen Einsatz bleibt ihnen der Sinn des Namens „Raphael“ bewusst. „Raphael“ ist hebräisch und bedeutet „Gott heilt“. Mit seiner Hilfe und unserer Professionalität wollen sie Jungen und Mädchen Heilung, Heimat und Hilfe anbieten. Auf dem großen Gelände wurden immer wieder neue Gebäude gebaut, um den Erziehungsauftrag jeweils den modernen pädagogischen Erfordernissen anzupassen.
Das Raphaelshaus gleicht einem kleinen Dorf. Im parkähnlichen Gelände liegen neben dem Hauptgebäude mit Kapelle die Gruppenhäuser, zwei Schulgebäude, eine Turn- und Schwimmhalle, ein Wasserspielplatz, ein Kleinsportfeld, ein Kunstrasenplatz, ein Hochseilgarten, Kletterhallen, Kletterfelsen, ein Bereich mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Stallungen für die Pferde und alle Tiere, die pädagogisch genutzt werden (Lamas, Esel, Kamele), eine Reithalle, eine Voltigierhalle, ein Erlebnisparcours für Mensch und Tier, eine Gärtnerei, Wohnhäuser für Mitarbeiter*innen und ein Appartementhaus. Umrahmt wird das „Raphaelsdorf“ von großen Weideflächen, einer Anlage mit ca. 500 Obstbäumen sowie Wohnsiedlungen von Dormagen. Die Atmosphäre wird bestimmt von den Kindern und Jugendlichen, die im Gelände spielen oder Sport treiben, von unseren Tieren, von Spaziergänger*innen aus Dormagen mit ihren Kindern und von einem alten Baumbestand.
Im Juni 2022 wurde im Jugendhilfezentrum Raphaelshaus eine Erinnerungsstätte in einem von drei Luftschutzbunkern aus der Zeit des Nationalsozialismus eröffnet. Die Erinnerungsstätte ist nicht nur Ausstellungs- und Präsentationsraum, sondern auch ein Lernort, der neben der Erinnerung an die Gräuel des Nationalsozialismus sowohl den Austausch als auch das hierüber „miteinander ins Gespräch Kommen“ ermöglicht.